現代生化技術提供了許多合成蛋白質的方法，其中有人蛋白質（如生長激素和干擾素）表達的模擬生物技術、哺乳動物細胞的培養技術以及酵母菌和真菌蛋白質在轉錄后加以修飾改變而成單克隆抗體等。隨著越來越多地采用這些生物技術工程來合成藥用性蛋白質，內毒素的污染也成為一個必須關注的重要問題。

生物技術應用過程中造成的內毒素污染量很大，污染的程度取決于產品的來源。在細胞培養上清液中通常含內毒素100~1000000EU/ml不等。理想的細胞培養上清液中不應有內毒素存在，因為整個操作過程中使用的試劑都是無內毒素的介質和緩沖液。但是，完-全沒有內毒素的環境很難實現，水的質量是一個根本的問題。一方面，不含內毒素的水用作注射用水價格昂貴，如果大量使用很不經濟；另一方面，在產品保存過程中常會有數量可觀的內毒素進來，如果產物的來源是人的血液，則由于獻血者以前曾受過感染或急性感染的存在而使得內毒素的污染成為一個嚴重的問題。